Разница в скорости построек обороны. Т.к. здания одинаковые, то причина в технологиях, которые сокращают время строительства/восстановления.
Например
1. Зерг владел ОПС на которой восстанавливались ПЗ. Скорость восстановления для зерга скажем 12 часов. Прошло 11 часов (до восстановления 1 ПЗ остался 1 час)
2. Тосс захватывает ОПС. Время восстановления ПЗ скажем 5 часов.
3. Вы заходите на ОПС после боя и пересчитывается все таймеры
4. Т.к. с момента начала восстановления прошло 11 часов, то их хватает на восстановление 2 ПЗ - которые вы тут же получили.
Это особенности расчета. Единственное решение - полный сброс времени восстановления при захвате.
Имхо не баг, но если настаиваете, то можно и обнулять.